外源性过敏性肺泡炎的病因常见于含放线菌和真菌的孢子、细菌及其产物、动植物蛋白质和某些化学物质等有机尘埃。在许多抗原中，以嗜热放线菌最为常见和重要，特别是微小多孢子菌，其次是普通高温放线菌。种植蘑菇的肥料和生产环境的空气中存在较多嗜热放线菌，种植者吸入可导致蘑菇工肺。外源性过敏性肺泡炎为免疫复合物疾病，Ⅲ型变态反应是其重要机制，激活的肺泡巨噬细胞可能是发病机制的中心环节，霉变枯草和微小多孢子菌可直接刺激肺泡巨噬细胞而引起蛋白水解酶释放，产生包括肉芽肿形成在内的肺组织病变。